脈沖噴吹除塵器可采用在線清灰或離線清灰兩種方法。在線清灰是指在進行脈 沖噴吹時，濾袋仍然進行煙氣過濾。噴吹系統需要用采用比較高的噴吹氣流阻擋過 濾煙氣，同時用瞬間的脈沖振蕩使塵層剝落進入灰斗。在線清灰除塵器內部是一個大空間靜態氣室，氣流分布比較均勻，使濾料所承受的過濾負荷變化不太大，這樣可 延長濾袋使用壽命。
離線清灰系統需要把除塵器內部區分成若干個密封袋室，每個袋室的花板上出氣口獨立安裝關斷閥、氣缸和
電磁閥等壓縮氣控制系統。在對每個袋室進行脈沖清灰噴吹前，需要首先控制擋板使這個袋室不再進行煙氣過濾。因此，離線清灰機構比較復雜，而且帶有關斷閥門，所以
離線清灰除塵器的造價與維護量相對來說比在線清灰除塵器稍高。
事實上，應該根據煙氣性質和工藝要求，靈活選用在線或離線的清灰系統設計。在一些特殊工藝比如垃圾焚燒等，其煙塵性質松散，不容易結成餅塊，有效清灰也比 較困難。采用離線清灰方法可減低“二次揚塵”，使清灰階段更加干凈，達到降低設備阻力的效果。
但另一方面，
離線清灰除塵器完成一個袋室的清灰后，此袋式的濾袋阻力將比其他正在過濾的氣室濾袋阻力低。這時候打開關斷閥門，袋室內濾袋將承受很高的過濾負荷，導致濾料的負荷變化循環太高，這樣也會縮短濾料使用壽命。而在線清灰每 次只是降低一行濾袋的阻力，除塵器內部的其他眾多數量的濾袋仍然會連續進行過 濾工作，這樣對剛噴吹后的濾袋所承受的過濾負荷變化相對來說比較溫和。因此，如 果除塵器的處理風量較小，內部結構不能區分為4~10個或更多的袋室數量，則不宜采用離線清灰。對于大型除塵器內部的煙氣移動速度即過濾風速一般都在1.5m/min以下，相對比較除塵器的入口濃度而言，“二次揚塵”并不是一種非常嚴重的現象。宜采用離線清灰。
